Sistem vodenja kakovosti predstavlja osnovno strukturo sistema GMP, ki kot prvo načelo sprejema vzpostavitev vodenja kakovosti, nadzora kakovosti in preizkusov usposobljenosti.

Ker gre za zdravje ljudi, je drugo osnovno načelo sistema odprava ali zmanjšanje možnosti kontaminacije zaradi notranjih in zunanjih dejavnikov v izdelkih, ki jih proizvajajo podjetja, ki se ukvarjajo s proizvodnjo hrane, zdravil, kozmetike in medicinskih pripomočkov.

Pri uporabi sistema dobre proizvodne prakse GMP za proizvodna podjetja v teh sektorjih se upoštevajo nekatera osnovna načela. Tako bodo na primer prenovili organizacijsko strukturo in osebje podjetja ter vzpostavili organizacijsko strukturo, ki bo zagotavljala najvišjo stopnjo higiene, in zaposlene v tej smeri usposobili.

Načela sistema lahko naštejemo na naslednji način.

Upravljanje kakovosti
Osebje in organizacija
Gradbeništvo, strojna oprema, oprema in materiali
dokumentacija
Vnos surovega izdelka, predelava, skladiščenje in distribucija izdelka
Kontrola kakovosti in preizkusi strokovnosti
Odobritev in odobritev vseh transakcij
Pritožbe in odpoklic
Preiskava napak, klinično spremljanje izdelkov, proizvedenih po uporabi
Shranjevanje vzorcev, uničevanje problematičnih, vrnjenih izdelkov
Notranji in zunanji nadzor.