Ker je varnostno vprašanje eno najbolj občutljivih vprašanj vseh drugih sistemov vodenja, je to najpomembnejše vprašanje dobre proizvodne prakse GMP, skupaj s higieno, v ustreznih podjetjih pa je treba sprejeti vse vrste varnostnih ukrepov, kot so požar, potres, sledljivost in podobni.

Skozi celoten logistični postopek je treba popolnoma nadzorovati celoten postopek od nakupa surovin do proizvodnje in pakiranja, dokler proizvodi, ki neposredno vplivajo na zdravje ljudi, kot so zdravila, medicinsko orodje in oprema, kozmetika in hrana, ne dosežejo končnega uporabnika.

Poleg vseh teh pregledov je poročanje o izdelkih, ki niso v skladu s tehničnimi specifikacijami, sprejetje potrebnih ukrepov za preprečevanje ponavljanja napak, načinov odpravljanja napak, sprejemanja in reševanja pritožb strank in načinov odpoklica izdelkov, kadar je to potrebno, prav tako v skladu s standardi sistema dobre proizvodne prakse GMP. Medtem sta med zahtevami tega sistema določitev metod notranje revizije družb, ki ta sistem vzpostavljajo v omenjenih sektorjih, in določanje načel zunanje revizije.

Ko podjetja, ki sprejmejo dobre proizvodne prakse in izdelujejo v skladu s tem, izpolnijo obrazec za zahtevek za dokument, začnejo postopek certificiranja. Ko certifikacijski organ začne z revizijskim delom, bo pregledal dokumentacijo, ki je bila prej na voljo.

Merila, ki jih je treba upoštevati v postopku certificiranja, so pripravili Turški inštitut za standarde, Direktorat za certificiranje kemične industrije na podlagi standardnih smernic in certificiranje je narejeno v skladu s temi merili.

Če so rezultati tega postopka pozitivni, je podjetje prijavitelj upravičeno do certifikata GMP. Obdobje veljavnosti potrdila GMP o dobri proizvodni praksi je 3 leta. Vendar podjetja nadzirajo tako, da certifikacijski organ vsako leto opravi vmesne revizije.