Ensimmäisen vaiheen tarkastuksen suorittaa auditointiryhmä selvittääkseen ISO / TS 16949 -järjestelmää koskevien asiakirjojen ja keskeisten suorituskykyindikaattorien vaatimukset. Tämän tarkastuksen tuloksena tilintarkastaja päättää, onko organisaatio valmis toisen vaiheen tarkastukseen. Jos organisaatio on valmis, tilintarkastajan kanssa määritetään sopiva päivämäärä toiselle vaiheelle. Tämä päivämäärä riippuu organisaation järjestelmän valmiudesta. Jos järjestelmä on täysin valmis, toinen vaihe voidaan siirtää välittömästi. Jos valmistelut on suoritettava loppuun, ne siirretään myöhempään päivään, tämä päivä ei saisi ylittää 1 päivää vaiheen 90 tarkastuksen päivästä.

Tarkastusryhmä suorittaa sertifiointitarkastuksen selvittääkseen, onko organisaation laatujärjestelmä ISO 16949 -standardin mukainen. Sitten autoprosessin lähestymistavan perusteella tutkitaan kaikki prosessit, jotka organisaatio haluaa sertifioida.

Jos järjestelmäsi täyttää standardin sertifikaattitarkistuksen tuloksena, organisaatiollasi on oikeus saada ISO 16949-sertifikaatti. 

Ennen ISO TS 16949 Automotive Quality Management System -järjestelmän perustamista yhtiöön on hyödyllistä hankkia jäljennös standardista. Tällä välin on hyödyllistä hyötyä julkaisuista, jotka tukevat laatujärjestelmän ymmärtämistä, toteutusta ja dokumentointia.
Sen jälkeen olisi perustettava ryhmä perustamaan järjestelmä ja noudatettava etenemissuunnitelma. Samalla on annettava ylimmän johdon tuki. Koulutusohjelma olisi järjestettävä, jotta kaikille työntekijöille, myös ylimmälle johdolle, tiedotetaan järjestelmän vaatimuksista.