اگرچه آنها در عملكرد متفاوت هستند، عملكرد محصولات كشاورزي خوب و سيستم GLOBALGAP در بسياري جهات شايع است. با این وجود، اگرچه دو اسناد مشابه هستند، آنها متفاوت هستند. سازمان تجارت جهانی یک توافق در مورد مقررات ایمنی مواد غذایی برای حفظ استانداردهای بین المللی در مورد "حیوانات و سلامت گیاهان" در تجارت محصولات کشاورزی ایجاد کرده است. اولین اقدامات بهداشتی و تناسب اندام (موافقت نامه SPS) برای تجزیه و تحلیل خطر و نقاط کنترل بحرانی (HACCP) در مواد غذایی و از سوی دیگر برای «روش های کشاورزی خوب (ITU)» برای تولید محصولات کشاورزی است. GAP (عملیات کشاورزی خوب). سازمان جهانی غذا (FAO) نیز بر اساس اصول عملیات کشاورزی خوب (ITU) کار کرده است. در نهایت، خرده فروشان بزرگ در کشورهای اتحادیه اروپا برای تشکیل گروه کار خرده فروشان اروپایی (EUREP) تشکیل دادند و در 1999 ادغام EUREPGAP (پروژۀ کارآفرینی خوب کشاورزی) را بر اساس اصول عملیات کشاورزی خوب در میوه ها و سبزیجات تازه تهیه کرد.

ایده عملیات کشاورزی خوب در ابتدا در 1997 در کشورهای اتحادیه اروپا معرفی شد. شرکت های خرده فروشی که در اینجا فعالیت می کنند، گروه کار خرده فروشان خرده فروشی اروپا (گروه تولید کننده یورو خرده فروشی) را بر روی جمعیت رو به رشد، افزایش نیازهای تغذیه ای، تغییر عادت های تغذیه ای و به طور فزاینده ای در معرض خطر سلامت انسان و محیط زیست قرار داده اند. (EUREP). این خرده فروشان بزرگترین خرده فروشان هستند که دارای سه چهارم بازار میوه و سبزی تازه در کشورهای اتحادیه اروپا هستند. به عنوان یک نتیجه از تلاش مشترک خود، آنها پروتکل های عملیات کشاورزی مناسب (GAP) برای دیدار با خواسته های غذایی معتبر مصرف کنندگان منتشر شده است. این پروتکل حداقل الزامات مورد نیاز برای تولید محصولات کشاورزی را پذیرفته است.

تمام عملیات انجام شده در طول تولید باید توسط کشاورزان ثبت و برای چک های بعدی رزرو شود. در این سوابق؛ نوع محصول، موقعیت جغرافیایی محصول، زمان استفاده از کود، علت کاربرد، مجوز فنی، نام تجاری و میزان استفاده از مواد شیمیایی، ابزار کاربردی، نام اپراتور و چند روز پس از کاربرد باید زمان برداشت، روش و مقدار آب آبیاری شامل اطلاعات باشد.

امروزه، در حالیکه مطالعات صدور گواهینامه کشاورزی خوب انجام می شود، مطالعات گواهینامه GLOBALGAP نیز انجام می شود. همانطور که در بالا ذکر شد، هر دو سیستم صدور گواهینامه بر اساس معیارهای مشابه هستند. با این حال، گواهی GLOBALGAP یک گواهی است که سازمان ها می خواهند در بازارهای بین المللی شرکت کنند. این سند به عنوان پیش شرط لازم برای صادرات شرکت هایی است که میوه های تازه و سبزیجات را به کشورهای اتحادیه اروپا ارسال می کنند. از سوی دیگر، گواهی گواهینامه های کشاورزی خوب است که سازمان ها می خواهند در بازارهای داخلی شرکت کنند.

امروزه برای اطمینان از یکپارچگی پیاده سازی، تعدادی از مطالعات انجام شده برای صدور گواهینامه های عملیات کشاورزی و گواهی GLOBALGAP به یک سند واحد انجام می شود. این فعالیت ها توسط کمیته اقدامات کشاورزی خوب ایجاد شده در وزارت غذا، کشاورزی و امور روستایی انجام می شود.
در ترکیه، فعالیت های صدور گواهینامه خوب کشاورزی توسط سازمان های صدور گواهینامه مجاز توسط وزارت غذا، کشاورزی و امور روستایی انجام می شود.