İşlevsellik olarak birbirleriyle farklı olsalarda, İyi Tarım Uygulamaları ve GLOBALGAP sistemi biribiriyle pek çok konuda benzer yapıdadır. Ancak iki belge birbirine her ne kadar benziyor olsada farklıdırlar. Dünya Ticaret Örgütü, tarım ürünleri dış ticaretinde "Hayvan ve Bitki Sağlığı" konusunda uluslararası standartların korunması amacıyla gıda güvenliğine ilişkin düzenlemelerin yer aldığı bir anlaşma oluşturmuştur. Sağlık ve Bitki Sağlığı Önlemleri Anlaşması (Sanitary and Phytosanitary Measures - SPS Agreement)'nın ilki gıdada Tehlike Analizi ve Kritik Kontrol Noktaları (HACCP - Hazard Analysis Critical Control Points), diğeri ise tarımsal üretimde uygulanmak üzere "İyi Tarım Uygulamaları (İTU)" anlamına gelen GAP (Good Agricultural Practices)'tir. Dünya Gıda Teşkilatı (FAO) da İyi Tarım Uygulamaları (İTU)'nın prensipleri üzerine çalışmalar yapmıştır. Son olarak, Avrupa Birliği ülkelerindeki büyük perakendeciler bir araya gelerek Avrupa Perakendeciler Ürün Çalışma Grubunu (EUREP) oluşturmuşlar ve 1999 yılında yaş meyve ve sebzede iyi tarım uygulamalarının esasları ile ilgili EUREPGAP (Avrupa Perakendeciler Ürün Çalışma Grubu İyi Tarım Uygulamaları) Protokolü'nü hazırlamışlardır.

İyi Tarım Uygulamaları düşüncesi ilk olarak 1997 yılında Avrupa Birliği ülkelerinde ortaya atılmıştır. Burada faaliyet gösteren perakendeci firmalar, nüfusun artması ile birlikte beslenme ihtiyacının giderek artması, beslenme alışkanlıklarının gittikçe değişmesi ve gıda üretiminin giderek insan sağlığı ve çevre için bir tehlike haline gelmesi üzerine, bir araya gelerek Avrupa Perakendeciler Ürün Çalışma Grubu’nu kurmuşlardır (Euro Retailer Producer Group, EUREP). Bu perakendeci firmalar, Avrupa Birliği ülkelerindeki yaş meyve ve sebze piyasasının dörtte üçünü ellerinde tutan büyük perakendecilerdir. Yaptıkları ortak çalışmalar sonunda, tüketicilerin güvenilir gıda taleplerini karşılamak üzere, İyi Tarım Uygulamaları Protokolü’nü yayınlamışlardır (Good Agriculture Practices, GAP). Bu protokol, tarımsal üretimde uluslararası kabul gören minimum gereklilikleri ortaya koymaktadır.

Üretim sırasında yapılan bütün işlemler çifçiler tarafından kayıt altına alınmalı ve daha sonra yapılacak kontroller için saklı tutulmalıdır. Bu kayıtlarda; ürün çeşidi, ürünün bulunduğu coğrafi bölge, gübre uygulama zamanı, uygulama nedeni, teknik izin, kullanılan kimyasalın ticaret ismi ve miktarı, uygulama aleti, operatörün ismi ve uygulama zamanından kaç günsonra hasat yapılması gerektiği, sulama zamanı, yöntemi ve miktarı gibi bilgileri içermelidir.

Bugün bir yandan İyi Tarım Uygulamaları belgelendirme çalışmaları yapılırken diğer yandan GLOBALGAP belgelendirme çalışmaları da yapılmaktadır. Yukarıda değinildiği gibi her iki belgelendirme sisteminde de aynı kriterler esas alınmaktadır. Ancak GLOBALGAP Belgesi, daha çok uluslararası piyasalarda yer almak isteyen kuruluşların sahip olmak istedikleri bir belgedir. Bu belge Avrupa Birliği ülkelerine yaş meyve ve sebze gönderen ihracatçı firmalar için bir ön koşul olarak aranmaktadır. Buna karşılık İyi Tarım Uygulamaları Belgesi, daha çok iç piyasalarda yer almak isteyen kuruluşların sahip olmak istedikleri bir belgedir.

Bugün uygulama bütünlüğü sağlamak için, İyi Tarım Uygulamaları Belgesi ile GLOBALGAP Belgesi’nin tek bir belge haline getirilmesi için bir takım çalışmalar yapılmaktadır. Bu çalışmalar, Gıda, Tarım ve Köyişleri Bakanlığı bünyesinde kurulmuş olan İyi Tarım Uygulamaları Komitesi tarafından yürütülmektedir.
Ülkemizde İyi Tarım Uygulamaları belgelendirme çalışmaları, Gıda, Tarım ve Köyişleri Bakanlığı’nın yetkili kıldığı belgelendirme kuruluşları tarafından yürütülmektedir.