İyi Tarım Uygulamaları Belgesi almak isteyen üretici firma veya grupların ilk yapacakları iş, bir belgelendirme kuruluşuna başvurmaktır. Bu şekilde belgelendirme süreci başlatılmış olur. Başvuru Formu doldurulurken, üretici firmanın, belgelendirilmesini istediği ürün çeşidini veya üretim alanını beyan etmesi gerekmektedir. İyi Tarım Uygulamaları Belgesi ve GLOBALGAP Belgesi için, belgelendirme çalışmaları aynı anda yapılabilir. Bu yüzden üretici firmalar eğer istiyorlarsa, her iki belge için de talepte bulunabilir. Belge bir yıl geçerli olup her yıl tekrar denetimden geçilmesi gerekmektedir.

İyi Tarım Uygulamaları sertifikasyonuna başvurmadan önce üretim alanında daha önce yetiştirilen ürün veya tarımsal faaliyetler bilinmeli, insan sağlığı ve çevreye olan etkileri değerlendirilmelidir, kontrol altına alınamayacak riskler söz konusu ise bu alanlar iyi Tarım Uygulamalarında kullanılmamalıdır.

Üreticiler, başvurudan önce risk değerlendirilmesi yapmalıdır. Risk değerlendirilmesi; toprak tipi, erozyon, taban suyu seviyesi ve kalitesi, sürdürülebilir su kaynaklarının varlığı, arazinin ilk kullanımı, parazit ve diğer asalaklarla bulaşık olması ve bitişik alanlara etkisi göz önünde tutularak yapılmalıdır. Toprak sağlığının korunması, tarım ilaçlarına bağımlılığın azaltılması ve bitki sağlığının maksimum düzeyde sağlanabilmesi için dönüşümlü üretim yapmalıdır.

İyi Tarım Uygulamaları Yönetmeliği’ne göre belgelendirme çalışmaları aşağıdaki ürün sınıflandırmasına uygun şekilde yapılmaktadır:

Bitkisel üretim

İTU-01: Yaş meyve sebze
İTU-02: Tarla bitkileri
İTU-03: Çiçek ve süs bitkileri
İTU-04: Fide ve fidancılık
İTU-05: Çay

Hayvansal üretim

İTU-06: Ruminant tabanı, sığır ve koyun (süt sığırcılığı, sığır besiciliği)
İTU-07: Tavukçuluk
İTU-08: Hindicilik

Su ürünleri yetiştiriciliği

İTU-09: Su ürünleri yetiştiriciliği (balık modülü, çift kabuklu yumuşakçalar)

Belgelendirme kuruluşu, Gıda, Tarım ve Haynacılık Bakanlığı tarafından çalışma yetkisi verilen bir denetim ve belgelendirme kuruluşu olmak zorundadır. Başvuru yapan üretici firma veya gruplar, belgelendirme kuruluşu tarafından denetlenirler ve İyi Tarım Uygulamaları kriterlerine uygun olarak faaliyet gösterip göstermedikleri gözlemlenir. İyi Tarım Uygulamaları sisteminin temel özelliği, tarımsal ürünlerin tarladan tüketicinin masasına gelinceye kadar izlenebilir olmasıdır. Sistem tamamen, üretici firmaların yaptığı faaliyetlerin ve üretim aşamalarının kayıt altına alınması esasına dayanmaktadır. Bu şekilde bir ürün tarlaya ekildiği andan itibaren tüketiciye ulaşıncaya kadar izlenmiş olmaktadır. Tutulan kayıtlar mutlaka saklanacaktır ve yıl içinde yapılacak iç denetimlerde gözden geçirilecektir. Belge almak için ilk defa başvuru yapılması durumunda ise mümkün olduğu takdirde önceki yıllara ait bilgiler de aranacaktır.

Belgelendirme kuruluşları, tarımsal üretimin ilk adımından başlayarak ürünün toplanması ve pazara sunulmasına kadar olan aşamalarda uygulanan bütün işlemlerin, İyi Tarım Uygulamaları kriterlerine uygun olup olmadığını denetleyecektir. Bu denetimler sırasında hem tutulan kayıtlara bakılacak, hem de gerek görülürse, ürünün niteliklerini tespit etmek için laboratuvar analizleri yaptırılacaktır.
İyi Tarım Uygulamaları Belgesi’nin verilmesi, firmanın bu denetimlerden geçmesi koşuluna bağlıdır.