Kalite yönetiminin kurulması, kalite kontrol ve yeterlilik testlerinin yapılmasını ilk prensibi olarak benimseyen GMP sisteminin temel yapısını, kalite yönetim sistemi oluşturmaktadır.

Konu insan sağlığı olduğu için, gıda, ilaç, kozmetik ve tıbbi araçlar üretiminde faaliyet gösteren firmaların, üretilen ürünlerde, iç ve dış etkenlerden kaynaklanan kirlenme ihtimalini ortadan kaldırmak ya da en aza indirmek sistemin ikinci temel prensibi olarak karşımıza çıkar.

GMP İyi Üretim Uygulamaları Sistemi’nin söz konusu sektörlerde üretim yapan firmalara uygulanmasında, bazı temel ilkelerle hareket edilmektedir. Mesela, firmanın organizasyon yapısı ve çalışan kadroları elden geçirilecek ve en üst düzeyde hijyen sağlamaya yönelik organizasyon yapısı kurulacak ve çalışanlar bu yönde eğitilecektir.

Sistemin prensipleri aşağıdaki gibi listelenebilir.

Kalite yönetimi
Personel ve organizasyon
Bina, donanım, ekipman ve materyaller
Dokümantasyon
Ham ürün girişi, ürün işleme, saklama ve dağıtım
Kalite kontrol ve yeterlilik testleri
Tüm işlemlerin onaylanması ve yetkilendirilme
Şikayetler ve geri çağırma
Hataların araştırılması, üretilen ürünlerin kullanım sonrası klinik takibi
Örneklerin saklanması, sorunlu, iade edilen ürünlerin imha edilmesi
İçsel ve dışsal denetim.